在生命科学领域，空间基因表达一直是关注的焦点，空间转录组技术使 科学家们能够更精确地区分和表征组织内的细胞多样性和疾病状态。Visium以55μm的分辨率开启了划时代意义的空间转录组研究，而Visium HD作为新的技术版本，能获得2μm单细胞分辨率的空间转录组表达信息，并通过基于探针的Visium CytAssist技术进行准确定位，为生物学和医学研究打开高清的全新视野。

 

Visium HD空间转录组技术介绍

Visium HD能够在单细胞分辨率上进行全转录组空间分析，通过CytAssist从载玻片的组织上，将转录组探针对转移到Visium HD芯片的对应捕获区域，之后进行探针延伸并建库。Visium HD芯片有2个6.5 x 6.5mm捕获区域，由约1100万个2µm x 2µm的空间条形码方阵组成，方阵里有连续排列的寡核苷酸序列，方阵之间没有间隙，实现全组织覆盖。获得数据根据不同细胞大小选择合适的最小分析单位（ 推荐合并为8µm x 8µm），用于可视化和后续分析。

 

 

基于Visium HD基因表达探针的文库

 

测序推荐的最小深度是275M reads，目前兼容人和小鼠的FFPE样本。

 

 

Visium HD技术优势

• 2 x 2 µm的单细胞分辨率
• 无间隙的连续组织覆盖
• 精准的转录本定位
• 高质量数据

 

 

Visium HD数据展示

下面展示的是使用人乳腺导管原位癌FFPE样本通过Visium HD分析，建立了一个无偏的全转录组图谱。Visium HD芯片结合CytAssist精确定位免疫细胞或癌症细胞等组织相关的细胞群，并确定了这些关键细胞在肿瘤微环境中的状态，用以发现它们之间的相互作用和对疾病以及治疗所产生的影响。

 

 

图1 A） HE染色的人乳腺DCIS组织FFPE样本。B） 基于Louvain算法的聚类分析。C）HE和聚类的叠加确定了预期位置的几个主要细胞类型。D） 乳腺腺和肌上皮细胞簇模拟了HE鉴定的导管区域中这些细胞的不同空间定位，这些乳腺上皮细胞被免疫和成纤维细胞簇包围。E） UMI图模拟了HE图像中的几个组织特征，并如预期呈现了导管细胞中高转录本的密度

 

 

图2 黑色箭头表示HE人乳腺DCIS组织FFPE样本图像中的血管，以及血管中平滑肌细胞的标记基因MYH11和PLN的正确定位

 

 

图3 HE与病理学注释叠加显示DCIS（黄色轮廓）和富含红细胞（青色轮廓）区域。几种免疫细胞类型（血浆、T、B、自然杀伤细胞、肥大细胞、巨噬细胞和树突状细胞）的空间分布。血浆、T细胞和巨噬细胞标记基因在DCIS周围富集，如HE注释所示。HE的重叠区域显示免疫富集区域和浆细胞的标志物JCHAIN

目前，10x团队已经完成人和小鼠一些常见类型样本的内测，后续也将会推出针对新鲜组织样本的应用。

 

 

云准科技Visium HD技术服务全新上线，如果您有空间转录组需求，欢迎与我们联系。

 

 

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关于云准

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